（1）厂址选择。为了有效地控制洁净厂房的净化空调系统的新风中的含尘量、含菌量和有害物含量，对设有洁净厂房的厂址应选择在大气含尘浓度、含菌浓度较低，空气中有害物质较少和周围环境无严重污染源的地方。

（2）总平面布置。厂区内的洁净厂房应布置在环境清洁、人物流不穿越或少穿越的地段。

（3）平面布置。洁净厂房内有生产间、辅助间、管理区、公用动力设备区等。洁净辅助间包括人净化室、生活用室、物净化室、实验室和物料贮存用库房等；减少管理区用房（包括办公、会议等）并尽量设置在洁净室（区）外；公用动力设备区包括空调机房、冷冻机房、净化用房、变配电间等，这类房间的设置通常与洁净厂房的规模、空气洁净度等级、产品生产工艺要求有关。