净化车间的日常运行管理围绕环境参数监控、人员行为规范和设备维护三个核心环节展开。温度通常控制在20至26摄氏度，相对湿度维持在45%至65%之间。相邻不同洁净等级区域压差应保持在5帕以上，洁净区与非洁净区压差不低于10帕。悬浮粒子浓度需定期检测，ISO7级区域每立方米大于等于0.5微米粒子数不应超过352000个，检测频次根据行业规范确定，制药行业通常每季度至少一次。

人员管理是维持洁净度的关键因素。进入洁净区须经过更衣、风淋等缓冲程序，穿戴相应等级洁净服、帽、鞋套和口罩，不得佩戴首饰和涂抹化妆品。人员出入应遵循单向流原则，避免交叉流动。车间内人员数量控制在设计上限以内，操作动作幅度不宜过大。日常巡检需关注门禁互锁和气闸室运行状态，防止门体常开导致压差失效。

设备维护直接影响净化系统长期稳定。初效过滤器每一至两个月清洗一次，中效过滤器每三至六个月更换，高效过滤器每年检测阻力值，阻力超过初阻值一倍时需更换。送风口和回风口定期清洁，温湿度传感器和压差表定期校准。物料进入洁净区前须在缓冲间完成外包装清洁，通过传递窗传递，避免污染带入。清洁工具选用不易产尘材料，采用湿式擦拭。制药和食品行业还需同步进行微生物监测，确保环境持续符合生产要求。